Dans le cahier des charges, les militaires soviétiques ont demandé que le BMP-1 puisse résister à des projectiles de 20 mm dans son arc frontal, tirés à une distance de plus de 500 mètres. Toutefois, si la partie avant, bien profilée, est susceptible de favoriser le ricochet des projectiles, les munitions perforantes modernes de 20 mm peuvent parfaitement transpercer le blindage en aluminium du VCI soviétique. En revanche, il peut résister aux balles de 12,7 mm tirées à toutes distances. Les flancs s'avèrent suffisamment résistants pour arrêter des munitions de 7,62 mm à 50 m. Il en va de même pour les petits éclats d'obus. En Afghanistan, des balles de 7,62 mm tirées depuis les hauteurs sont néanmoins parvenues à bout du blindage des 4 trappes en forme de "D" sur le toit.

Durant toute sa carrière, le BMP-1 a souvent été employé au combat et a révélé une certaine vulnérabilité. Déjà, l'explosion de mines ou d'engins explosifs Improvisés ( EEI ou IED ) s'avère très souvent mortel pour le pilote et le chef de bord, placés en tandem dans le compartiment avant. Les BMP-1 engagés en Afghanistan verront d'ailleurs leur plancher renforcé pour pouvoir résister, théoriquement, à des mines contenant 2,5 kg d'explosif.

Si la compacité du BMP-1 rend le travail des observateurs et des tireurs ennemis plus difficile, la tourelle très compacte est d'ailleurs rarement prise pour cible, elle a par contre le désavantage de nécessiter d'entasser à l'intérieur du blindé des munitions, des personnels et du carburant. Une partie de ce dernier est même stocké entre les deux rangées de banc. Le blindé soviétique s'avère alors très dangereux, car les incendies sont quasiment systématiques si un projectile venait à percer le mince blindage. De plus, les portes étanches à l'arrière du compartiment de troupe contiennent également des réservoirs de carburant qui, si les risques semblent être trop grands, sont remplis de sable afin d'augmenter la protection au détriment de l'autonomie. Durant la plupart des conflits, les soldats vont donc prendre l'habitude de s'asseoir sur le toit afin de pouvoir débarquer plus rapidement.

Le BMP-1 se révèle en définitive délicat à déployer en combat, car sa fonction première, protéger les personnels, n'est pas remplie. Cette attitude est aussi favorisée par l'exigüité de la caisse et l'absence de climatisation qui transforment le compartiment en fournaise dans les pays chauds, puisque le système d'extraction d'air n'est pas suffisamment puissance en cas de température élevée.

En vue de se masquer s'il venait à être détecté, le BMP-1 peut créer son propre écran de fumée en injectant du carburant dans le collecteur d'échappement. Les modèles Sp4 ( également appelés BMP-1P ) sont aussi équipés de lance-grenades fumigènes de 81 mm qui peuvent former un écran sur tout le pourtour du blindé.